sh.exe.stackdumpというファイルがpullするとできてしまって、
削除してもまた出来て作業を進められない状態でした。
sh.exe.stackdumpの中身
MS... Exception: STATUS_ACCESS_VIOLATION at... program=C:\Users\username\AppData\Local\Atlassian\SourceTree\git_local\bin\sh.exe cs... Stack trace: Frame Function Args 0028... 11805 [main] sh 12496 handle_exceptions: Exception: STATUS_ACCESS_VIOLATION 12606 [main] sh 12496 handle_exceptions: Error while dumping state (probably corrupted stack)
C:\Users\【ユーザ名】\AppData\Local\Temp
この場所にできていた、日本語の文字化けファイルがエラーの原因のようでした。
いったんデスクトップに移動させてみると普通にプルできるようになりました。
参考: msysgit(Git for Windows) で STATUS_ACCESS_VIOLATION が出る時の対策